Hlavní náklady na provoz rekuperačního větrání jsou tvořeny náklady na spotřebu elektřiny ventilátory a na výměnu filtrů. Jako určitou ilustraci lze použít příklad výpočtu provozních nákladů větrací jednotky Zehnder ComfoAir 350, kde celkové provozní náklady jsou vyčísleny přibližně na 2000 Kč/rok.